辦理航空快遞運輸的手續與辦理普通航空貨物運輸的手續基本上是一樣的。只是按照國際慣例，各國的海關和航空公司對快遞的清關、收運均給與較大的方便，這樣就保證了快遞能夠及時、安全、準確地運達目的地。

各國海關和航空公司對快遞公司在快遞的申報、收運方面也做出了一些特殊規定：
一、下列物品不得已快遞形式發運：
動物、植物、珠寶、藝術品(指名人字畫等)、文物、古玩、貴金屬、寶石、金條、郵票、有價證卷(如現鈔等)；武器及其部件；易燃、易爆、易腐蝕物品；有毒、有機過氧化物；放射性、磁性等其它危險品；尸體；黃色易刷品及音像制品；
二、下列物品在價值、數量上受某些國家海關的限制，快遞公司在收運此類物品適應參照有關國家海關規定辦理：
動物制品、酒類(如啤酒、白酒等)、液體、植物產品(如棉花、種子、茶葉、煙葉等)，食品、易腐爛貨物、藥品等。
快遞公司除遵守上述規定外，還對發件人發運的快遞提出了如下要求：
一、文件或包裹的單件重量(毛重)不得超過32公斤(含32公斤)，但一票分運單項下可含多件不超過32公斤的文件或包裹。
二、文件或包裹的外包裝三邊長相加不得超過175厘米(含175厘米)，單邊長不得超過102厘米(含102厘米)。
三、一票包裹的分運單項下所含貨物的總值不得超過25000美元，并根據所分運快遞內容的不同，要求發件人提供有關單證。
四、文件本身不具有商業價值，故無須向海關申報價值。
五、辦理文件、包裹的手續：文件、發件人按照規定填寫分運單(Proof of Deliver簡稱POD)，交納運費即可。

包裹：發件人除填分運單、交納運費外，還應視所發貨物的內容不同提交有關單證。
1、商業發票。
2、航空快遞按照規定應向當地出口地海關交驗的有關單證，如出口許可證、商品檢驗證書、外匯核銷單、合同、協議等。
3、航空快遞按照規定應向中轉地和目的地海關交驗的有關單證，如原產地證書、檢疫證書、品質證明書等。